（一）认定
1．自我评价。企业应对照《认定办法》第十条进行自我评价。认为符合条件的在“高新技术企业认定管理工作网”（网址：www.innocom.gov.cn）进行注册登记。
2．注册登记。企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《企业注册登记表》（附1），并通过网络系统上传至认定机构。
认定机构应及时完成企业身份确认并将用户名和密码告知企业。
3．准备并提交材料。企业根据获得的用户名和密码进入网上认定管理系统，按要求将下列材料提交认定机构：
（1）《高新技术企业认定申请书》（附2）；
（2）企业营业执照副本、税务登记证书（复印件）；
（3）经具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用（实际年限不足三年的按实际经营年限）、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告；
（4）经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）；
（5）技术创新活动证明材料，包括知识产权证书、独占许可协议、生产批文，新产品或新技术证明（查新）材料、产品质量检验报告，省级（含计划单列市）以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料。
4．组织审查与认定
（1）认定机构收到企业申请材料后，按技术领域从专家库中随机抽取不少于5名相关专家，并将电子材料（隐去企业身份信息）通过网络工作系统分发给所选专家。
（2）认定机构收到专家的评价意见和中介机构的专项审计报告后，对申请企业提出认定意见，并确定高新技术企业认定名单。
上述工作应在收到企业申请材料后60个工作日内完成。
5．公示及颁发证书
经认定的高新技术企业，在“高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消高新技术企业资格；公示无异议的，填写高新技术企业认定机构审批备案汇总表，报领导小组办公室备案后，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”（加盖科技、财政、税务部门公章）。具体认定流程如下图所示：
6.高新技术企业资格自颁发证书之日起生效，有效期为三年。
（二）复审
1．高新技术企业资格期满前三个月内企业应提出复审申请（复审申请书同附2），不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。
2．高新技术企业复审须提交近三个会计年度开展研究开发等技术创新活动的报告，经具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构出具的近三个会计年度企业研究与开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计报告。
复审时应对照《认定办法》第十条进行审查，重点审查第（四）款。对符合条件的企业，按照第十一条（四）款进行公示与备案，并由认定机构重新颁发“高新技术企业证书”（加盖科技、财政、税务部门公章）。
通过复审的高新技术企业资格自颁发“高新技术企业证书”之日起有效期为三年。有效期满后，企业再次提出认定申请的，按初次申请办理。
（三）申请享受税收政策
1.认定（复审）合格的高新技术企业，自认定（复审）当年起可依照《企业所得税法》及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（以下称《实施条例》）、《中华人民共和国税收征收管理法》（以下称《税收征管法》）、《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》（以下称《实施细则》）和《认定办法》等有关规定，申请享受税收优惠政策。
2.未取得高新技术企业资格或不符合《企业所得税法》及其《实施条例》、《税收征管法》及其《实施细则》，以及《认定办法》等有关规定条件的企业，不得享受税收优惠。
（四）复核
对高新技术企业资格及其相关税收政策落实产生争议的，凡属于《认定办法》第十四条、第十五条情况的企业，按《认定办法》规定办理；属于对是否符合第十条（四）款产生争议的，应组织复核，即采用企业自认定前三个会计年度（企业实际经营不满三年的，按实际经营时间）至争议发生之日的研究开发费用总额与同期销售收入总额之比是否符合《认定办法》第十条（四）款规定，判别企业是否应继续保留高新技术企业资格和享受税收优惠政策。